Шрот з насіння льону при введенні її в раціон харчування, перш за все, нормалізує роботу шлунково-кишкового тракту. Ця його властивість пов'язана з великим вмістом в насінні льону цінних харчових волокон, що стимулюють перистальтику кишечника.
Завдяки клейким речовинам (лляної слизу), що входить до складу шроту з насіння льону, вона може виступати і в ролі м'якого проносного. Крім того, лляне насіння, з якого виробляється шрот, багато антиоксидантами, які поліпшують стан мікрофлори кишечника.
Завдяки вмісту цінною поліненасичені жирні кислоти Омега-3 і через підвищений вміст калію, лляної шрот як компонент харчування може перешкоджати розвитку ряду серйозних захворювань серцево-судинної системи. Фітоестрогени, що містяться в лляному шроті, роблять благотворний вплив на організм людини в цілому, особливо на організм жінки в усі періоди її життя (вагітність, пологи, передменструальний і клімактеричний періоди).